可可的种植和传播，实际上可以追溯到美洲大陆更早的奥尔梅克文明。只是奥尔梅克文明活跃在墨西哥湾海岸湿润的低地里，水流的冲刷不利于古代遗迹的保存，书面记录的缺乏也使考古学家难以对他们的语言进行专业推测，造成人们在阐述可可的早期历史时，一般都是追溯到更为保险的玛雅文明古典时期（250-950）。

在玛雅文明幸存的壁画、雕塑和绘画中，发现了关于可可豆、可可饮品和可可食用器皿的丰富信息，如在危地马拉贝登省东北角的里奥阿苏尔遗址中，发现了大量含有可可碱和咖啡因的器皿；在尤卡坦半岛的主要城市奇琴伊察遗址中，挖掘出一块玉石牌形状的翡翠斑块，上面刻着一个抱着可可树干的人和“可可”一词的字母字形；公元595年，火山爆发覆盖了萨尔瓦多拉利伯塔德省的玛雅村庄霍亚德赛伦，在其附近的果园里，科学家们发现了矗立着的、开着花的可可树。